Nascido no Rio de Janeiro é casado com Maria de Fátima Carneiro de Mendonça e tem três filhos.
Judeu, Jaques Wagner é também militante do movimento sionista desde a juventude.
Sua atividade política se inicia a partir de 1968 no movimento estudantil, quando presidiu o diretório acadêmico da Faculdade de Engenharia da Pontifícia Universidade Católica (PUC). Entretanto, em 1973, Jaques Wagner passou a ser perseguido pela ditadura militar e teve que abandonar o curso de Engenharia, que nunca completou. Nesse mesmo ano mudou-se para Salvador e ingressou na indústria petroquímica no polo de Camaçari, no litoral da Bahia. Lá Wagner se tornou técnico em manutenção. Começou a atuar no Sindicato dos Trabalhadores da Indústria Petroquímica (Sindiquímica), do qual foi diretor e presidente de 1987 a 1989. Conheceu Lula num congresso de petroleiros e, em 1980, ingressou no Partido dos Trabalhadores (PT). Nessa época, foi um dos fundadores do PT e da Central Única dos Trabalhadores (CUT) no estado.[carece de fontes?]
Filiado ao partido desde então, Jaques Wagner foi eleito deputado federal em 1990. Depois de três mandatos como deputado, concorreu ao governo da Bahia em 2002 e foi derrotado. Então, foi acomodado por Lula como Ministro do Trabalho e posteriormente, em 2005, tornou-se ministro das Relações Institucionais, assumindo a coordenação política do governo e suas relações com o Congresso Nacional.
Jaques Wagner foi eleito governador do estado, em outubro de 2006, apoiado por uma coligação formada pelo PT, PV, PPS, PCdoB, PTB, PMN e PMDB. Este último indicou o candidato a vice-governador, o ex-deputado estadual Edmundo Pereira. A coligação não teve candidato a senador, mas apoiou informalmente o ex-governador João Durval Carneiro, que também é pai do atual prefeito da capital, Salvador, João Henrique Carneiro. Apesar de as pesquisas indicarem uma vitória do seu adversário e predecessor no cargo, Paulo Souto, Jaques venceu com 52,89% dos votos válidos, num total de 3.242.336 votos.
A vitória de Jaques Wagner foi apontada pela imprensa nacional como o fim do carlismo, ou seja, da forte influência do ex-governador Antônio Carlos Magalhães na estrutura de governo do estado da Bahia.[carece de fontes?] O próprio Jaques Wagner tratou de explicar, numa entrevista concedida à revista Caros Amigos, que sua vitória não foi surpresa para ele, uma vez que o grupo liderado pelo senador Antônio Carlos Magalhães arregimentava sempre cerca de 30 por cento dos votos em todas as eleições.
Em dezembro de 2006, seguindo o modelo do governo Lula, Wagner anunciou que pretende ter sob sua responsabilidade direta a administração dos recursos financeiros estaduais destinados a ações sociais.[carece de fontes?]
Em 2010, Jaques foi reeleito governador da Bahia, em primeiro turno, com 63,83% dos votos válidos[1].
Em 2011, a população de Salvador lançou um manifesto com abaixo-assinado através do movimento “Eu quero VLT em Salvador” defendendo a adoção do Metrô ou do Veículo Leve sobre Trilhos na av. Paralela e Região Metropolitana de Salvador.